• English
    • français
    • Deutsch
    • español
    • português (Brasil)
    • Bahasa Indonesia
    • русский
    • العربية
    • 中文
  • English 
    • English
    • français
    • Deutsch
    • español
    • português (Brasil)
    • Bahasa Indonesia
    • русский
    • العربية
    • 中文
  • Login
View Item 
  •   Home
  • OAI Data Pool
  • OAI Harvested Content
  • View Item
  •   Home
  • OAI Data Pool
  • OAI Harvested Content
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Browse

All of the LibraryCommunitiesPublication DateTitlesSubjectsAuthorsThis CollectionPublication DateTitlesSubjectsAuthorsProfilesView

My Account

LoginRegister

The Library

AboutNew SubmissionSubmission GuideSearch GuideRepository PolicyContact

Filovirus refseq entries: Evaluation and selection of filovirus type variants, Type sequences, And names (Letter)

  • CSV
  • RefMan
  • EndNote
  • BibTex
  • RefWorks
Author(s)
Kuhn, Jens H
Andersen, Kristian G
Bao, Yiming
Bavari, Sina
Becker, Stephan
Bennett, Richard S
Bergman, Nicholas H
Blinkova, Olga
Bradfute, Steven
Brister, J Rodney
Bukreyev, Alexander A
Chandran, Kartik
Chepurnov, Alexander A
Davey, Robert A
Weidmann, Manfred
Show allShow less
Contributor(s)
National Institutes of Health (US)
Harvard University
National Institutes of Health (US)
United States (US) Army - Medical Research Institute of Infectious Diseases
Philipps-Universitat, Germany
National Biodefense Analysis and Countermeasures Center
National Biodefense Analysis and Countermeasures Center
National Institutes of Health (US)
University of New Mexico, USA
National Institutes of Health (US)
University of Texas Medical Branch
Albert Einstein College of Medicine of Yeshiva University
Russian Academy of Sciences, Russia
Texas Biomedical Research Institute
Aquaculture
Show allShow less
Keywords
Bundibugyo virus
cDNA clone
cuevavirus
Ebola
Ebola virus
ebolavirus
filovirid
Filoviridae
filovirus
genome annotation
ICTV
International Committee on Taxonomy of Viruses
Lloviu virus
Marburg virus
marburgvirus
mononegavirad
Mononegavirales
mononegavirus
Ravn virus
RefSeq
Reston virus
reverse genetics
Sudan virus
Taï Forest virus
virus classification
virus isolate
virus nomenclature
virus strain
virus taxonomy
virus variant
Show allShow less

Full record
Show full item record
URI
http://hdl.handle.net/20.500.12424/726310
Online Access
http://hdl.handle.net/1893/21700
https://dx.doi.org/10.3390/v6093663
Abstract
Sequence determination of complete or coding-complete genomes of viruses is becoming common practice for supporting the work of epidemiologists, ecologists, virologists, and taxonomists. Sequencing duration and costs are rapidly decreasing, sequencing hardware is under modification for use by non-experts, and software is constantly being improved to simplify sequence data management and analysis. Thus, analysis of virus disease outbreaks on the molecular level is now feasible, including characterization of the evolution of individual virus populations in single patients over time. The increasing accumulation of sequencing data creates a management problem for the curators of commonly used sequence databases and an entry retrieval problem for end users. Therefore, utilizing the data to their fullest potential will require setting nomenclature and annotation standards for virus isolates and associated genomic sequences. The National Center for Biotechnology Information's (NCBI's) RefSeq is a non-redundant, curated database for reference (or type) nucleotide sequence records that supplies source data to numerous other databases. Building on recently proposed templates for filovirus variant naming [<virus name> (<strain>)/<isolation host-suffix>/<country of sampling>/<year of sampling>/<genetic variant designation>-<isolate designation>], we report consensus decisions from a majority of past and currently active filovirus experts on the eight filovirus type variants and isolates to be represented in RefSeq, their final designations, and their associated sequences.
Other co-authors: Ralf G. Dietzgen, Norman A. Doggett, Olga Dolnik, John M. Dye, Sven Enterlein, Paul W. Fenimore, Pierre Formenty, Alexander N. Freiberg, Robert F. Garry, Nicole L. Garza, Stephen K. Gire, Jean-Paul Gonzalez, Anthony Griffiths, Christian T. Happi, Lisa E. Hensley, Andrew S. Herbert, Michael C. Hevey, Thomas Hoenen, Anna N. Honko, Georgy M. Ignatyev, Peter B. Jahrling, Joshua C. Johnson, Karl M. Johnson, Jason Kindrachuk, Hans-Dieter Klenk, Gary Kobinger, Tadeusz J. Kochel, Matthew G. Lackemeyer, Daniel F. Lackner, Eric M. Leroy, Mark S. Lever, Elke Mühlberger, Sergey V. Netesov, Gene G. Olinger, Sunday A. Omilabu, Gustavo Palacios, Rekha G. Panchal, Daniel J. Park, Jean L. Patterson, Janusz T. Paweska, Clarence J. Peters, James Pettitt, Louise Pitt, Sheli R. Radoshitzky, Elena I. Ryabchikova, Erica Ollmann Saphire, Pardis C. Sabeti, Rachel Sealfon, Aleksandr M. Shestopalov, Sophie J. Smither, Nancy J. Sullivan, Robert Swanepoel, Ayato Takada, Jonathan S. Towner, Guido van der Groen, Viktor E. Volchkov, Valentina A. Volchkova, Victoria Wahl-Jensen, Travis K. Warren, Kelly L. Warfield, and Stuart T. Nichol
Date
2015-07-23
Type
Journal Article
Identifier
oai:dspace.stir.ac.uk:1893/21700
http://hdl.handle.net/1893/21700
http://dx.doi.org/10.3390/v6093663
000343107100020
Copyright/License
© 2014 by the authors; licensee MDPI, Basel, Switzerland. This article is an open access article distributed under the terms and conditions of the Creative Commons Attribution license (http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/).
Collections
OAI Harvested Content

entitlement

 

Related items

Showing items related by title, author, creator and subject.

  • Thumbnail

    Untersuchungen zur Eignung verschiedener animaler Viren zur Prüfung der Viruzidie chemischer Desinfektionsmittel in der Nutztierhaltung

    Universität Leipzig, Veterinärmedizinische Fakultät; Prof. Dr. Uwe Truyen; Prof. Dr. Uwe Rösler; Pirschel, Jörg Constantin (Universitätsbibliothek Leipzig, 2015-11-27)
    Im Zuge der Überarbeitung der DVG-Richtlinie zur Prüfung der Viruzidie chemischer Desinfektionsmittel in der Nutztierhaltung wurden BVDV, EAV und PPV auf ihre Eignung als potentielle Prüfviren getestet. Das bisher vorgeschriebene Newcastle-Disease-Virus und das Vacciniavirus sollen mit anderen behüllten Viren wie BVDV oder EAV verglichen werden. Beweggründe für einen möglichen Austausch sind die derzeitige Situation in der Tierseuchenbekämpfung, die Erhöhung der Anwendersicherheit durch Wegfall des zoonotischen Potentials, die einfachere Kultivierung und Handhabung der Prüfviren sowie speziell bei NDV die höhere Aussagekraft der gewonnenen Ergebnisse. Die Desinfektionsmittelversuche wurden gemäß DVG-Richtlinie auf Pappelholzkeimträgern durchgeführt, wobei das jeweilige, mit fetalem Kälberserum vermischte, Virus auf die Keimträger aufgetragen und angetrocknet wurde. Die DVG schreibt eine Trocknung im Brutschrank von 60 Minuten bei 37°C vor. Um die Trocknungsverluste der eingesetzten Viren zu untersuchen, wurden vergleichende Trocknungsversuche wie vorgeschrieben im Brutschrank und im Exsikkator bei Raumtemperatur durchgeführt. Die nach der Trocknung im Brutschrank durchgeführten Desinfektionsmittelversuche wurden mit chemischen Grundsubstanzen kommerziell erhältlicher Desinfektionsmittel durchgeführt. Dabei kamen verschiedene Anwendungskonzentrationen von Ameisensäure, Glutaraldehyd, Natriumhypochlorit, Natronlauge und Peressigsäure zum Einsatz. Bei der vorgeschriebenen Trocknung im Brutschrank kam es zu Titerverlusten von 0,8 bis zu 2,75 log10KID50/ml. Durch eine Trocknung der Holzkeimträger von 30 Minuten bei Raumtemperatur im Exsikkator konnten die Titerverluste auf 0,3 bis 1,0 log10KID50/ml reduziert werden. In den nachfolgenden Desinfektionsversuchen zeigte sich die besonders hohe Tenazität von PPV. Es war den eingesetzten Desinfektionsmitteln gegenüber deutlich resistenter als alle anderen untersuchten Viren. In den Trocknungsversuchen zeigte PPV mit Abstand die niedrigsten Titerverluste. Mit BVDV und EAV konnten zwar ausreichend hohe Titer erzielt werden, allerdings waren die Trocknungsverluste beider Viren sehr hoch. In den Keimträgerversuchen konnte nur in wenigen Versuchen eine Titerreduktion von mehr als 3 Logarithmusstufen erreicht werden. Hier könnte zukünftig die Trocknung im Exsikkator Abhilfe schaffen, um die Trocknungsverluste zu minimieren und eine höhere Titerreduktion zu ermöglichen. Die Ergebnisse einer früheren Arbeit zeigen identische Ergebnisse von NDV und BVDV im Keimträgertest. Ein Ersatz von NDV durch BVDV ist somit zu empfehlen. Eine Verwendung der untersuchten Viren gemäß den derzeitigen DVG-Richtlinien ist möglich, allerdings müssten im Zuge der weiteren Harmonisierung von CEN- und DVG-Richtlinie die Kontrolltiter entsprechend erhöht werden, um die von der CEN geforderte Titerreduktion von vier Logarithmusstufen für eine vollständige Virusinaktivierung einzuhalten. Die Vermehrung der untersuchten Viren zu höheren Ausgangs-, bzw. Kontrolltitern sollte daher Gegenstand weiterer Forschungsarbeit sein. Einer weiteren Verwendung der bisherigen Prüfviren BEV und REOV steht nichts im Wege. Aufgrund der Ergebnisse der vergleichenden Trocknungsversuche wird für alle untersuchten Viren zukünftig eine 30 minütige Trocknung im Exsikkator empfohlen.
  • Thumbnail

    Impact of universal access to hepatitis C therapy on HIV-infected patients: implementation of the Spanish national hepatitis C strategy.

    Rivero-Juarez, A; Lopez-Cortes, L F; Castaño, M; Merino, D; Marquez, M; Mancebo, M; Cuenca-Lopez, F; Jimenez-Aguilar, P; Lopez-Montesinos, I; Lopez-Cardenas, S; et al. (Springer Verlag, 2016-11-08)
    In April 2015, the Spanish National Health System (SNHS) developed a national strategic plan for the diagnosis, treatment, and management of hepatitis C virus (HCV). Our aim was to analyze the impact of this on human immunodeficiency virus (HIV)-infected patients included in the HERACLES cohort during the first 6 months of its implementation. The HERACLES cohort (NCT02511496) was set up in March 2015 to evaluate the status and follow-up of chronic HCV infection in patients co-infected with HIV in the south of Spain. In September 2015, the data were analyzed to identify clinical events (death, liver decompensation, and liver fibrosis progression) and rate of treatment implementation in this population. The study population comprised a total of 3474 HIV/HCV co-infected patients. The distribution according to liver fibrosis stage was: 1152 F0-F1 (33.2 %); 513 F2 (14.4 %); 641 F3 (18.2 %); 761 F4 (21.9 %); and 407 whose liver fibrosis was not measured (12.3 %). During follow-up, 248 patients progressed by at least one fibrosis stage [7.1 %; 95 % confidence interval (CI): 6.3-8 %]. Among cirrhotic patients, 52 (6.8 %; 95 % CI: 5.2-8.9 %) developed hepatic decompensation. In the overall population, 50 patients died (1.4 %; 95 % CI: 1.1-1.9 %). Eight hundred and nineteen patients (23.56 %) initiated interferon (IFN)-free treatment during follow-up, of which 47.8 % were cirrhotic. In our study, during 6 months of follow-up, 23.56 % of HIV/HCV co-infected patients included in our cohort received HCV treatment. However, we observed a high incidence of negative short-term outcomes in our population.
  • Thumbnail

    Détection et impact potentiel des tobamovirus chez l’homme

    Balique, Fanny (2013)
    Un paradigme actuel en virologie est que les virus de plantes ne peuvent pas affecter les animaux vertébrés et ne sont pas pathogènes pour 1'homme, qui est pourtant exposé quotidiennement à ces virus. Cependant, plusieurs éléments remettent en question ce paradigme. Ainsi, les virus de plantes peuvent être présents chez les invertébrés, mais aussi chez des vertébrés, et cette présence pourrait ne pas être neutre. Premièrement, certains virus végétaux et animaux appartiennent à de mêmes familles et peuvent posséder des répertoires de gènes quasi-identiques. Deuxièmement, il existe de nombreux exemples de phytovirus qui circulent et se multiplient chez les insectes. Troisièmement, des virus de plantes ont été détectés chez les animaux vertébrés, y compris chez l'homme. En particulier, des études récentes de métagénomique portant sur le virome intestinal humain ont mis en évidence que des virus de plantes étaient très majoritaires dans les selles. Quatrièmement, des réponses immunitaires contre des virus de plantes ont été détectées chez des animaux et chez l'homme. De plus, la présence des virus de plantes chez les animaux et l'homme pourraient ne pas être neutre, et des travaux ont suggéré leur pathogénicité chez les insectes et l'homme. L'objectif de cette Thèse a été d'étudier si les tobamovirus peuvent être pathogènes chez l'homme. La première partie de mon travail correspond à une revue de la littérature portant sur la présence et l'impact potentiel des virus de plantes chez les animaux dont l'homme. La seconde partie porte sur l'exposition aux tobamovirus et les effets possibles de ces virus des tobamovirus chez l'homme. Dans la région de Marseille, nous avons montré la présence du Pepper mild mottle virus (PMMoV) dans 7.2% des selles de patients et dans 57% des produits alimentaires à base de piment. De plus, le PMMoV peut rester infectieux dans les aliments et la présence du PMMoV dans les selles de patients a pu être associée de façon significative à une réponse immunitaire spécifique et des signes cliniques (fièvres, douleurs abdominales ou prurit). De plus, nous avons montré que le Tobacco mosaic virus (TMV) était présent dans le tabac de toutes les cigarettes testées et restait infectieux dans une cigarette sur 2. Par ailleurs, nous avons montré que ce virus était retrouvé dans 45% des salives de fumeurs testées. La troisième partie de ce travail porte sur l'étude d'un éventuel rôle pathogène des tobamovirus, notamment le TMV, pour les animaux vertébrés, via l'utilisation de modèles expérimentaux murin et cellulaire. Nous avons inoculé des particules virales de TMV à des souris par voie intra-trachéale afm de mimer l'exposition au TMV via le tabac de cigarette, et avons également inoculé du TMV à des macrophages murins. Les résultats ont montré chez la souris une persistance du virus jusqu'à 14 jours dans le tissu pulmonaire et les macrophages pulmonaires. De plus, nous avons détecté du TMV dans le cytoplasme des macrophages murins jusqu'à 15 jours après inoculation. En résumé, nos résultats suggèrent que la frontière entre virus de plantes et virus d'animaux n'est pas aussi stricte qu'il est communément admis et incitent à ré-évaluer l'éventuel pathogénicité des phytovirus pour l'homme, particulièrement dans la perspective d'une utilisation vaccinale de virus de plantes recombinants.
DSpace software (copyright © 2002 - 2021)  DuraSpace
Quick Guide | Contact Us
Open Repository is a service operated by 
Atmire NV
 

Export search results

The export option will allow you to export the current search results of the entered query to a file. Different formats are available for download. To export the items, click on the button corresponding with the preferred download format.

By default, clicking on the export buttons will result in a download of the allowed maximum amount of items.

To select a subset of the search results, click "Selective Export" button and make a selection of the items you want to export. The amount of items that can be exported at once is similarly restricted as the full export.

After making a selection, click one of the export format buttons. The amount of items that will be exported is indicated in the bubble next to export format.